कोशिका माध्यमित प्रतिरक्षा तन्त्र (Cell mediated immune system) एक प्रतिरक्षा प्रतिक्रिया है जिसमें एंटीबॉडीज शामिल नहीं होते है। कोशिका माध्यमित प्रतिरक्षा तन्त्र शरीर में प्रत्यारोपित अंग के प्रति कार्य करता है एवं ये कैंसर नामक घातक रोग के कोशिकाओं के विरूद्ध भी कार्य करते है।