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हाइड्रोजन जीवाणु मिट्टी में उपस्थित हाइड्रोजन को मीथेन एवं जल में परिवर्तित करने वाले क्रिया को पूर्ण करते हैं। जैसे #8211; हाइड्रोजिनोमोनास (Hydrogenomonas), बैसिलस पेन्टोट्रोफस (Bacillus pentotrophus) 4H<sub>2</sub> + CO<sub>2</sub> → CH<sub>4</sub> + 2H<sub>2</sub>O
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