छोटी आंत (Small Intestine) मानव पाचन तन्त्र का एक महत्वपूर्ण भाग है जो पेट और बड़ी आंत के बीच स्थित होती है। छोटी आंत शरीर में होने वाली पाचन क्रिया में सहायता के लिए अग्नाशयी वाहिनी के माध्यम से पित्त और अग्नाशयी रस प्राप्त करता है। छोटी आंत लगभग 18 फीट (6.5 मीटर) लंबी होती है। छोटी आंत शरीर में कई बार मुड़ी होती है।